Bajo la superior dirección de la persona titular de la Consejería y la coordinación de la Secretaría General de Presupuestos y Financiación, a la Dirección General de Financiación  Autonómica  y  Fondos  Europeos  le  corresponden  las  funciones  de  propuesta,  asesoramiento,  impulso  y  coordinación  de  las  actuaciones  derivadas  del  sistema  de  financiación autonómica.

En el área de Fondos Europeos, le corresponde la elaboración, coordinación y seguimiento presupuestario  de  las  formas  de  intervención  cofinanciadas  con  los  fondos  de  la  Unión  Europea, tanto los estructurales y los de cohesión como otros instrumentos financieros no estructurales establecidos por la Unión Europea, a excepción del FEAGA, en coordinación con los diferentes Departamentos de la Comunidad Autónoma.

Asimismo, le corresponde llevar a cabo las labores de información, asesoramiento y difusión en materias relacionadas con dichos Fondos.

Para el cumplimiento de sus funciones, la Dirección General de Financiación Autonómica y Fondos Europeos se estructura en los siguientes órganos administrativos:

• Servicio de Gestión de Fondos Europeos.
• Servicio de Certificación de Fondos Europeos.
• Servicio de Control de Fondos Europeos.